雖然在清潔、綠色、低碳發(fā)展方面取得了較好成績，但與國家對電力企業(yè)的環(huán)保要求相比，還有較大差距，清潔發(fā)展之路仍面臨艱巨的任務和挑戰(zhàn)。目前遇到的困難和問題主要有以下五個方面：

一是清潔發(fā)展理念還沒有真正根深蒂固。受長期計劃經(jīng)濟、粗放發(fā)展模式影響，部分電力企業(yè)的思維模式還沒有真正從規(guī)模思維中走出來，對內涵式發(fā)展、核心競爭力培育、做好做優(yōu)還重視不夠。

二是節(jié)能環(huán)保資金缺乏，清潔發(fā)展戰(zhàn)略實施受到制約。受“市場煤，計劃電”影響，五大發(fā)電集團火電板塊連虧4年，累計虧損達921億元。因此，在環(huán)保設施、節(jié)能技改等前期投入方面缺乏資金投入和保障，清潔發(fā)展戰(zhàn)略的實施受到較大影響。

三是電力企業(yè)承受能力有限。國家對火電污染物排放的控制力度日益加大，脫硫、脫硝、除塵等一系列設備改造及運行維護費用高昂，導致企業(yè)成本增加，負擔加重，短期內無法彌補。

四是新能源發(fā)展遇到瓶頸，相關改革配套措施沒有到位。國家支持新能源發(fā)展的利好政策，在刺激新能源井噴式發(fā)展的同時，也帶來了新的問題。首先，發(fā)展太快，市場過剩。2008年新能源發(fā)展剛剛起步時，由于數(shù)量少，政策支持力度大，經(jīng)歷了三年多的發(fā)展“黃金期”，從2012年開始，新能源發(fā)電市場已經(jīng)飽和甚至過剩，比較典型的如風電、光伏發(fā)電等產(chǎn)業(yè)，在經(jīng)過快速擴張后，造成較為嚴重的低端同質化競爭后果，整個行業(yè)面臨重新洗牌。另外，受制因素多，效益未達預期。例如水電受移民、環(huán)保因素影響造價暴漲；核電安全性受質疑，難獲資質，發(fā)展受阻；太陽能熱發(fā)電核心技術未成熟，發(fā)電成本高昂等。其次，相關制度措施沒有到位。

新能源發(fā)展缺乏通盤考慮和整體規(guī)劃，產(chǎn)業(yè)規(guī)模化、標準化方面還有很長的路要走。

五是科技研發(fā)投入不足，節(jié)能環(huán)保核心技術水平偏低。與發(fā)達國家相比，我國電力科技水平仍存在較大差距，科技研發(fā)重視不夠、投入不足，自主創(chuàng)新的基礎比較薄弱，核心和關鍵技術落后于世界先進水平，重要設備的國產(chǎn)化率低，一些關鍵技術和裝備，如航改型燃機、大型清潔高效發(fā)電設備、多晶硅、頁巖氣勘探開發(fā)技術、先進核反應堆技術等依賴于國外引進，增加了綠色環(huán)保成本。